Năm 2025 Trường Đại học Phú Yên tuyển sinh 12 ngành trình độ đại học với 590 chỉ tiêu chia làm 2 nhóm ngành:

Nhóm ngành đào tạo giáo viên (260 chỉ tiêu dự kiến):

   - Tuyển sinh 06 ngành gồm: Sư phạm Mầm non (50 chỉ tiêu), Tiểu học (130 chỉ tiêu), Toán học (20 chỉ tiêu), Ngữ văn (20 chỉ tiêu), Tiếng Anh (20 chỉ tiêu) và Khoa học tự nhiên (20 chỉ tiêu);

   - Về phương thức xét tuyển: Nhóm ngành đào tạo giáo viên xét tuyển theo 02 phương thức: Xét tuyển điểm thi tốt nghiệp THPT Quốc gia và Xét tuyển thẳng theo quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo.

   - Ngưỡng đảm bảo chất lượng đầu vào: các ngành đào tạo giáo viên hằng năm do Bộ Giáo dục và Đào tạo công bố (Năm 2024 đối với Xét tuyển điểm thi tốt nghiệp THPT Quốc gia điểm sàn 19 điểm; Xét tuyển kết quả học tập THPT học bạ cả năm 12 loại giỏi).

Các ngành đào tạo giáo viên đối với các thí sinh có hộ khẩu tại tỉnh Phú Yên được hưởng chế độ theo nghị định 116 của Chính phủ được miễn học phí và được cấp chi phí sinh hoạt 3.63 triệu đồng/tháng.

Nhóm ngành đào tạo ngoài sư phạm (330 chỉ tiêu)

   - Tuyển sinh 06 ngành bao gồm: Ngôn ngữ Anh (60 chỉ tiêu), Việt Nam học (50 chỉ tiêu), Quản trị kinh doanh (70 chỉ tiêu), Công nghệ thông tin (70 chỉ tiêu), Nông nghiệp (30 chỉ tiêu), Du lịch (50 chỉ tiêu).

   - Về phương thức xét tuyển: Nhóm ngành đào tạo ngoài sư phạm xét tuyển theo 04 phương thức: Xét tuyển kết quả học tập THPT (cả năm lớp 12); Xét tuyển điểm thi tốt nghiệp THPT Quốc gia; Sử dụng kết quả thi ĐGNL của ĐHQG TP. HCM và Xét tuyển thẳng theo quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo.

   - Ngưỡng đảm bảo chất lượng đầu vào: Đối với phương thức xét tuyển kết quả học tập THPT điểm đủ điều kiện đăng ký xét tuyển điểm cả năm lớp 12 của các môn học có trong tổ hợp xét tuyển từ 16,5 trở lên; Điểm thi tốt nghiệp THPT 15 điểm trở lên; Điểm thi đánh giá năng lực của Đại học Quốc gia TP. Hồ Chí Minh ≥ 550 (thang điểm 1200). Tuy nhiên theo quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo năm 2025 sẽ quy điểm xét tuyển của các phương thức trên về cùng một thang điểm để xét tuyển nhà trường sẽ công bố cách thức quy điểm trong thời gian đến.